El municipio cuenta con 1 ciudad, 20 aldeas y 119 caseríos.
La cabecera de Esquipulas, con categoría de ciudad, tiene los caseríos
El Sillón San Joaquín Vuelta Grande Jesús y María Tizaquín
Las aldeas son:
ATULAPA
Agua Caliente Amatal Bojorquez
Canoas Cerrón Espinos
Horno de Vides La Brea La Casona
Montecinos Mesa Grande Zompopero
Agua Sarca
BELEN
Chiramay El Zapote La Ruda
Agua Sarca
CAFETALES
Aradona Loma Alta
La Rinconada Llano largo
CARBONERAS
Jupilingo
CARRIZAL
El Bailadero El Tabloncito Joyitas
Llano de los Toros Pericos
CRUZ ALTA
Curruche Las Palmas
CHANMAGUA
Laguna Seca Las Pozas El Vado
Pedregal Varales
HORCONES
Los Calzontes Piedra de Amolar Tablón de Gámez
Tichac Zarzalito
JAGUA
Las cañas La Ceibita Encino
Jícaro Lagunas Las Sopas
Llano de Guerra Ojo de Agua Palmitas
El Peñasco Pinal Pinalito
Rincón de María El Salitre San Frco. Buena Vista
Tareas
LA GRANADILLA
El Chuctal Floripundio El Olvido
El Porvenir Plan de la Arada
LAS PEÑAS
Fortuna El Incienso Joyas Verdes
Miramundo El Palmar Pesote
Quesera
MONTEROS
Barrancas El Cerrón El Horno
Rincón de León Ojo de agua
OLOPITA
Bueyero Cuevitas Las Crucitas
Piedra Redonda San Juan Tontoles
SAN ISIDRO
Chuctal Dos Ríos Malcotalito
SAN NICOLAS
El Cascajal Chagüiton Miramundo
Paxashtal Tecomapa
SANTA ROSALIA
El Limón El Jocotal La Cuestona
El Duraznal Las Toreras
TIMUSHAN
Cañada del Pino El Bajío El Mojón
La Cañada Loma del Mango Los Fierros
Llano de San Gaspar Malsinca Pasaljá
San Antonio San Miguel Suyate
Tablón de Sulay
VALLE DE DOLORES
Chagüite El Chorro Los Vados
Los Vados Abajo San Juan Arriba Tierra Colorada
VALLE DE JESUS
ZARZAL
El Guineal Malcotal Potrerillos
Zapotal
Acerca de Chiquimula 
